Qu’est-ce que le séquençage du génome entier et le séquençage shotgun ?
Il s’agit de méthodes utilisées pour évaluer et séquencer l’ADN du génome d’un organisme en une seule fois.
Similitude
Les similitudes entre le séquençage du génome entier et le séquençage shotgun sont les suivantes ;
- Tous deux sont impliqués dans le séquençage de fragments d’acide désoxyribonucléique.
- Les deux techniques impliquent la fragmentation génomique
- Les deux techniques utilisent la numérisation et sont basées sur l’ordinateur
- Les deux techniques jouent un rôle essentiel dans les études de recherche et les diagnostics moléculaires.
Séquençage du génome entier
Le séquençage du génome entier aka (WGS) est une technique détaillée permettant d’étudier l’ensemble de la séquence d’acide désoxyribonucléique génomique d’une cellule en une seule fois.
Le séquençage du génome entier est devenu disponible après la publication du projet du génome humain, qui a fourni la référence pour les séquences du génome humain.
Séquençage à l’emporte-pièce (Shotgun Sequencing)
Le séquençage Shotgun consiste à diviser de manière imprévue des séquences d’acide désoxyribonucléique en un grand nombre de petits fragments, puis à les assembler à nouveau (la séquence) en déterminant les régions de chevauchement.
Différence entre le séquençage du génome entier et le séquençage à l’emporte-pièce (shotgun)
Description de la méthode
Séquençage du génome entier
Le séquençage du génome entier (WGS) est un processus d’arrangement en une seule étape. Dans cette technique, le génome entier (ensemble haploïde de chromosomes dans un micro-organisme) est d’abord cisaillé. Ensuite, chacun de ces minuscules fragments subit un processus d’arrangement aléatoire. Une fois l’arrangement ou le séquençage terminé, l’analyse a lieu. Au moment de l’évaluation de l’arrangement/des séquences, il y a élimination du processus de séquençage qui se chevauche, et l’évaluation n’est pas une technique ordonnée. Par conséquent, l’assemblage des séquences est un processus moins réussi et moins efficace. Toutefois, le processus de séquençage du génome entier est plus rapide et l’évaluation du génome entier (ensemble haploïde de chromosomes dans un micro-organisme) peut avoir lieu en une seule fois.
Séquençage Shotgun
Le séquençage à la volée est une méthode de laboratoire permettant d’évaluer la séquence d’acide désoxyribonucléique du matériel génétique d’un organisme (génome). La technique consiste à diviser le matériel génétique de l’organisme en minuscules fragments d’acide désoxyribonucléique qui représentent le séquençage individuel.
Utilisations
Séquençage du génome entier
Séquençage à l’emporte-pièce (Shotgun Sequencing)
- Étudie la séquence d’acide désoxyribonucléique du génome d’un organisme.
- Méthode efficace pour séquencer indirectement l’acide ribonucléique ou les protéines (via leurs cadres de lecture ouverts).
- Méthode privilégiée pour tous les autres types d’ensembles haploïdes de chromosomes dans un micro-organisme, également pour le séquençage. L’ensemble des chromosomes haploïdes de nombreux organismes – la vache, le poulet, le rat, la plante Arabidopsis thaliana, le poisson-globe et de nombreux organismes microscopiques – ont été séquencés selon cette technique.
- Assemblages de novo de génomes microbiens presque terminés et presque définitifs en très peu de jours
- Le pouvoir de séquencer des génomes complexes et de grande taille
- Longueur de lecture du système GS FLX+ jusqu’à 1 kb
- Réalisation d’assemblages hybrides
Étapes
Séquençage du génome entier
- Générer des lectures de séquençage directement à partir d’un dépôt de génome entier (ensemble haploïde de chromosomes dans un micro-organisme).
- Application de méthodes informatiques pour le réassemblage en une seule étape
- Utilisé pour la mouche des fruits (Drosophila Melanogaster) et par Celera Genomics (développé en 1998) pour le génome humain (ensemble haploïde de chromosomes dans un micro-organisme).
Séquençage à la volée
Résumé
Les points de différence entre le séquençage du génome entier et le séquençage par shotgun sont résumés ci-dessous :
Séquençage du génome entier vs. séquençage Shotgun